2 de febrero de 2012

Bacterias del Arsénico: Avances

Ya ha pasado un año desde el comunicado de la NASA anunciando una conferencia donde se develaría "un descubrimiento astrobiologico que causará impacto en la busqueda de vida extraterrestre". Y tambien ha pasado un año desde mi entrada refiriendome a éste mismo tema, sobre el descubrimiento de éstas bacterias que viven en el arsenico. Recordar que la polemica que generó fueron las conclusiones del trabajo donde se afirmaba que éstas bacterias incorporarian Arsénico al esqueleto de su ADN, en los lugares donde debiese existir Fósforo; además, siendo la conferencia un dia jueves, y publicando esa entrada durante ese fin de semana, solo llegué a mostrar las criticas iniciales a ésta investigación.

Por esto, creo que es necesario contarles dos sucesos que me parecen importantes durante toda la polemica que ha suscitado este tema de las Bacterias del Arsénico (celulas GFAJ-1)....y que no tienen que ver con experimentación científica precisamente.

El primer suceso que me interesa comentar es que se comienza a hablar del proceso de publicación científica. Específicamente del "peer-review" (revision por pares) que permitió la publicación de un trabajo donde muchos investigadores acordaban que "faltaban controles", lo que ademas se agregaba a la polémica que tuvo  la revista Science con Hwang y la clonación  de celulas madres embrionarias en el 2004. Ahora, para ser riguroso, el sistema de revision por pares siempre ha sido motivo de criticas, pero me pareció que esta vez fue diferente por el tema digital.

Y ese es el segundo tema, la difusión cientfica en Internet. El tema de que Rosie Redfield haya sido una de las primeras en criticar abiertamente el articulo de Felisa Wolfe-Simon en su blog de trabajo, y posteriormente que la critica fuera viralizada en las redes sociales, hizo que incluso se hablara de "revision post-publicacion" como una forma anexa, para mejorar o inclusive para reemplazar la "revision por pares". De alguna forma, y a partir de opiniones que leí en twitter y sitios de noticias, eso aumentó la importancia de los blogs que eran administrados por grupos de estudio o blogs personales de cientificos. Ahora no tengo claro hasta que punto aumento la importancia, pero al menos se aumentó la visibilidad de éstos. Lo que tengo claro es que la nueva ola de criticas hacia la revisión por pares, derivó hacia un debate sobre Ciencia Abierta (Open Science).

Extracto sobre Open Science desde el blog Somia:
Open Science que significa Open Content, Open Data y Open Peer Review. Es decir: (i) publicaciones cuyos contenidos son abiertos y pueden ser distribuidos libremente porque los derechos de propiedad intelectual han sido cedidos (Open Content), (ii) datos brutos de las investigaciones abiertos, accesibles y en formátos estándares de forma que puedan ser usados y reusados por otros investigadores, por los revisores, etc. (Open Data) y (iii) un nuevo modelo de revisión que sea público, abierto y horizontal (Open Peer Review)

Dato: existen varios sitios dedicados a blogs cientificos que están unicamente en inglés. Si no tienes problemas con el idioma te invito a visitar: Field Of Science; ScienceBlogs; Wired Science y ScienceBlogging. Para blogs que revisan artículos científicos, recomiendo visitar ResearchBlogging.

Continuando con la historia principal, el 3 de Junio de 2011, fue finalmente publicado el articulo de Wolfe-Simon en la revista Science, pero acompañada de 8 comentarios tecnicos mostrando las preocupaciones sobre los metodos utilizados.

Por toda la polemica que se generó con el anuncio de la NASA, y cuando llego la prensa a preguntarle por todo el alboroto que habia en Internet por su trabajo, Wolfe-Simon prefirió no responder y solo decir que queria discutir esto dentro de la comunidad cientifica primero (aunque eso no la detuvo de dar una charla TED sobre su trabajo durante el 2011). Tambien señaló que podía entregar colonias de las celulas GFAJ-1 para que otros cientificos intentaran replicar sus hallazgos.

Así es como Rosie Redfield obtiene su copia de celulas de arsenico, y comienza a trabajar para ver si realmente intercambian fosforo por arsenico en el ADN.  De hecho, su trabajo es digno de notar porque los problemas y avances de su investigación los fue colocando en su blog (http://rrresearch.fieldofscience.com/). De esa manera, cualquier persona interesada podria leerlo y saber que experimentos estaba haciendo, que resultados preliminares tenia, que problema para obtener datos podia tener, etc.

Y finalmente, ella escribe un articulo para mandarlo nuevamente a Science, mostrando que no encontró arsenico en el ADN de las celulas GFAJ-1. Mientras lo revisan en Science,  ella lo publicó en arXiv, un repositorio de articulos cientificos desde donde podemos tener acceso al articulo que Redfield escribió.

En este sitio pueden encontrar la propuesta original del articulo, el cual solo ha sido enviado a la revista Science para su publicacion. Ahi veremos si logra pasar el proceso de "revision por pares" para ser finalmente publicado.

Si eres asiduo a Twitter y no tienes problemas con el inglés, si quieres saber en que va este embrollo recuerda revisar #arseniclife.


Tweet que envió Rosie Redfield de su cuenta, asegurando que en una entrevista Felisa Wolfe-Simon nunca dijo que el arsenico habia sido incorporado al ADN.


Respuesta enviada por Jeff Gralnick, mostrando dos videos donde Felisa Wolfe-Simon asegura que el fosforo fue intercambiado por el arsénico. (videos en inglés)